La FDSEA organise la représentation de ses adhérents autour de trois axes :
Le syndicat local, cantonal, est l'échelon de base auquel adhèrent les exploitations. Pour le département de la Moselle, ce sont 29 structures qui s'appuient sur un réseau de près de 600 délégués communaux.
Ces syndicats cantonaux se regroupent au sein de la FDSEA (Fédération Départementale des Syndicats d'Exploitants Agricoles).
Maillon fort de l'organisation syndicale, sa présence dans les instances de décision au niveau départemental en fait un partenaire essentiel des pouvoirs publics et des organisations économiques dans la gestion des questions agricoles.
La FDSEA adhère à la FNSEA (Fédération Nationale des Syndicats d'Exploitants Agricoles).
Une fédération régionale (FRSEA Grand Est) coordonne l'action des dix FDSEA de notre région.
La FDSEA regroupe plusieurs sections spécialisées qui représentent les intérêts de chaque production (grandes cultures, lait, viande, porcins, ...). Au niveau national (FNSEA), 38 associations spécialisées fédèrent ces structures départementales.
Elles représentent les intérêts spécifiques de groupes au niveau départemental. Elles sont aussi structurées au niveau national au sein des quatre sections sociales de la FNSEA (Fermiers et Métayers, Bailleurs de Baux Ruraux, Anciens exploitants, Agricultrices).